Life and computing: Mendeley

Mendeley

Using Mendeley and Dropbox to sync your pdf library across computers (Aug. 2012)

1) 두 머신의 클라우드 서비스 클라이언트 폴더 위치를 동일하게 맞추기. 예를 들어, 두 컴퓨터 모두 dropbox folder를 C:\Dropbox로 잡기.
2) 상기 폴더에 멘들리 폴더를 만들어서 dataDirectory 파일 넣어놓기. (참고: dataDirectory can be found by opening Mendeley, hitting Crtl+Shift+D, Debug Tools tab, and clicking on Open Data Directory.)
3) Mendeley 레지스트리(HKEY_CURRENT_USER\Software\Mendeley Ltd.\Mendeley Desktop)에 문자열 키("dataDirectory")를 생성하고 dataDitectory 폴더 위치를 값으로 지정.(예를 들면, "C:/Dropbox/Mendeley")
4) Mendeley를 구동시켜 보기.
5) 두번째 머신에서도 반드시 상기 1~3번 과정 확인하기. 이후 Mendeley 구동하기.

3년 정도 사용하다보니(highlights와 note 등 annotation이 10만개를 훨씬 넘었다), database sqlite 파일이 26MB 정도 되었는데, 가끔씩 annotation synchronization이 빠릿빠릿 동작하지도 않고, 왠지 동기화가 꼬인듯 해서, 나름 최적화 한번 해보려고, database도 건드려보고 backup 기능도 이리저리 해보다가 모든 파일/폴더/노트를 초기화했다. 아예 이참에 새로 시작하는 마음으로 모든 논문을 백지상태에서 다시 정리할까도 생각했는데, 폴더를 새로 구성하면서 느껴지는 묵직한 두려움... 2천개가 넘는 논문 파일을 다시 열어서 줄을 긋기는 도저히 무리!라고 정신을 차리고, 미리 대비해서 갖춰둔 backup database가 잘 돌아가기를 기도하면서 실행했지만, 결과는 foreign key constraint failed key라면서 데이터 키값이 맞지 않는다는 둥 원상복구에 실패. 인터넷이나 mendeley support도 유사 답이 없는 것 같아서, database sqlite 테이블을 다 열어서 스스로 해결 했다. sqlite 및 sql에 대해서 얕게라도 알고 있다면 참고하시길. 나름 주말 시간 다 잡아먹은 노력의 산물이니 도움이 되시길.
더불어 이번 기회에 느끼게 된 점.

Mendeley는 논문/보고서를 저장하는 공간이나 통로가 아니라, 해당 서지정보에 대한 요약 및 개략정보를 저장/조회하는 도구로서, 이러한 서지정보가 쌓이면서 역시 동기화 문제가 발생할 수 있음.
주석 및 노트가 지속적으로 유지 관리되어야 하는 내용만 Mendeley에 넣어놓기.
데이터의 분석결과는 체계적으로 정제된 다른 방식(예: 기술문서)으로 정리하기.

논문 파일의 로컬 저장소 위치를 변경했을 때, PDF 파일 위치가 깨지면서 열리지 않게 되는 데, 이에 대응해서 파일 위치 일괄 수정하는 방법: database sqlite 파일을 열어서 다음 사항 적용한뒤, mendeley 구동.

UPDATE Files SET localUrl=REPLACE(localUrl, "/mendeleyDesktop/", "/mendeleyPapers/");

UPDATE RemoteFileHighlights SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");
UPDATE RemoteFileNotes SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");
UPDATE RemoteFolders SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");
UPDATE RemoteDocuments SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");
UPDATE RemoteDocumentNotes SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");
UPDATE DocumentFolders SET status=REPLACE(status, "ObjectUnchanged", "ObjectCreated");

SqlQuery::handleError: SQL Error: foreign key constraint failed / Query executed: DELETE FROM Documents WHERE id = :id

SQLite DB Browser를 이용해서, XXX@XXX@www.mendeley.com.sqlite 파일을 열고, Documents 테이블에서 해당 id에 대한 레코드를 삭제 한 후 변경사항을 저장하자.